正确采集临床微生物标本，直接影响到微生物培养鉴定结果。正确的采集、运送、保存与处理临床微生物检验标本，对于保证临床微生物检验工作质量至关重要。
采集标本的一般原则
1、采集最佳时间是病程早期、急性期，最好在使用抗菌药物之前采集，以提高病原菌的检出率。
2、用于微生物培养的标本在收集时应注意严格的无菌操作和及时送检。
3、无菌操作
采集标本时应尽量避免或减少感染部位附近皮肤或黏膜常居菌群的污染，以防止外源性细菌污染标本。在采集血液、脑脊液、胸腹水或关节液等无菌标本时，应注意对周围和局部皮肤的消毒，严格执行无菌操作。对于采集与外界相通的腔道标本时，如窦道等，为防止受皮肤表面正常菌群的污染，应从窦道底部采集标本送检，而非从窦道口取标本，以免造成病原菌与正常菌群相混淆致使临床误诊。采集标本均应盛于无菌容器内送检，盛装标本的容器不能使用消毒剂处理，标本中也不得添加防腐剂，以免降低病原菌的分离率。
临床标本的采集
1、下呼吸道分泌物（痰液）:要求患者早上起床后用净水漱口，立即从下部呼吸道咳出第一口痰，吐在无菌塑料痰盒中，及时送检。对于咳痰量少的幼儿，可轻轻压迫胸骨上部的气管，使其咳嗽，待咳嗽后用无菌棉拭子采集标本。气管镜下采集:用气管镜在肺炎病灶附近用导管吸引，或者使用支气管刷直接取得标本。
2、尿液（中段尿）:早晨起床后第一次尿，取中断尿留于专用尿培养杯中（注意无菌操作），女性病人应清洗外阴部后再留取；标本需及时送检。
3、尿道分泌物:男性患者用75%酒精棉球消毒尿道外口后，轻轻积压阴茎体，继而流出来的分泌物，需用无菌男性拭子蘸取分泌物,半小时内送检。
4、阴道、子宫颈分泌物:应由医生采集，标本采集前24h-48h禁欲、禁盆浴、禁阴道灌洗及局部上药。标本采集时，常规无菌操作消毒外阴或尿道口，用扩阴器扩张阴道，用无菌棉拭子拭取宫颈口或宫颈后穹窿的分泌物，不可碰及阴道壁，放入无菌拭子管中。
5、脓液：先尽可能的除去坏死的脓液，然后用蘸有生理盐水的棉拭子蘸取感染灶血肉交接部位标本，要尽量多取一些，然后将棉拭置于无菌试管中，及时送检。
6、血液：
（1）血培养指证： ①发热（≥38℃）或低温（≤36℃）；②寒战 ③白细胞增多（＞10×109/L，特别有核左移）；④皮肤黏膜出血点；⑤休克、昏迷，多器官衰竭；⑥血压降低，呼吸加快，CRP升高；⑦血液病患者出现粒细胞减少、血小板减少⑧对入院危重感染患者应在未进行抗菌药物治疗之前，及时做血培养。
具备上述一种或几种体征时，若临床怀疑菌血症应采集血液标本进行血培养。
（2）成人每次采血5—10ml，小儿采血2—3ml；
（3）严格消毒病人采血部位和血培养瓶口，抽一定量血液后，无菌注进血培养瓶内，轻轻摇匀，
（4）从抽血到接种进瓶，动作要快，防止血液凝固，同时要及时送检；双侧双瓶取样。
7、眼、耳、鼻、喉拭子：将棉拭子蘸取少许无菌生理盐水，然后采取可疑部位的分泌物，及时送检。
8、创口分泌物：用75%酒精棉球或碘酒消毒创口周围，清理伤口（用无菌操作祛除脓及坏死组织），在血肉交接部位取标本，半小时内送检。
9、脑脊液：以无菌方法取脑脊液3-5ml，置无菌试管内，常温保存送检，如需增菌培养提高阳性率可直接无菌注进血培养瓶内（2-3ml)，及时送检。
10、粪便:取有粘液、脓血部分的粪便置玻璃大便专用管中，如为稀水便，可直接收集于玻璃管中，及时送检。
11、胆汁：由专科医生以无菌方法取引流液10ml注进无菌试管。
12、穿刺液（胸腹水、心包液、关节腔液、鞘膜积液）：严格无菌抽取后，注进含肝素抗凝的无菌试管中，轻轻颠倒试管10余次，使肝素与穿刺液混匀达到抗凝的目的，或直接无菌注进血培养瓶内及时送检。
13、前列腺液:病人排尿后取立位弯腰或胸膝位。用75%酒精棉球消毒患者尿道外口，检查者右手食指戴指套，涂润滑剂后置入肛门，在前列腺两侧叶自外向上方向内下方按压2~3次，再在中央沟又上向肛门口按压2~3次，然后挤压会阴部尿道，既有乳白色前列腺液流出，将其全部留于无菌管里。半小时内送检。
14、支原体（解脲、人型）培养标本的采集:
（1）支原体对干、热抵抗力差，标本采集后应尽快接种支原体运送培养基送检。
（2）男性：用细的无菌棉拭子沾取无菌盐水少许深进尿道口内2.5-3cm，签蘸取分泌物，放入无菌的无菌拭子管中。
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