百日咳杆菌(Bordetella Pertussis，BP)是百日咳的致病菌，百日咳作为多种临床呼吸道传染性疾病之一，主要是由感染百日咳杆菌所致。该疾病的临床表现为痉挛性、阵发性咳嗽，咳嗽症状逐渐加重，最终产生鸡啼样吸气性吼声。百日咳发病后病程通常会延续2~3个月，病程绵长，该疾病的名称也是由此而来。传播途径主要以呼吸道飞沫传播为主，传染源包括带菌者、隐性感染者以及该病患儿。该疾病在5岁以下儿童中易复发，而在临床研究以及本研究数值中发现，虽任何年龄均有机会患上百日咳，但一般仍以儿童为大多数，其中6个月以下的儿童为该疾病患染高发人群。按照其病程可将该疾病分为3期。
    (1)发病1~2周为卡他期，出现咳嗽、低热、喷嚏、流涕等症状，咳嗽症状会随着病情进展逐渐加重;
    (2)发病3~4周为痉咳期，出现痉挛性和阵发性咳嗽;
    (3)病程结束1~2周为恢复期，咳嗽频率逐渐降低，未再发生阵发性痉咳。                                                   

    该疾病可发生于全年，季节交替是发病高峰时间段，主要以7~9月夏秋两季为主。有临床研究显示，该疾病在农村的发病率高于城市，可能与防范意识、生活卫生习惯密切相关。由于百日咳菌苗免疫接种的不断增加，发病率也逐渐降低。但是近几年该疾病又出现流行趋势，且城市患病人口不断增加。
    目前，临床上常用细菌培养和血清学筛查等方法对百日咳杆菌进行检测，但百日咳杆菌分离培养难度大，培养周期长，而血清学筛查存在灵敏性低，特异性不高的缺陷，这些因素限制了上述两种百日咳杆菌检测方法在临床上的应用。
    在实验室检查方面，与细菌学和血清学方法相比，核酸检测方法对百日咳致病菌的诊断具有较高的敏感性和特异性，对于不符合临床诊断标准的非典型病例、隐性感染者以及其他非百日咳鲍特菌引起的百日咳具有不可替代的意义，是临床检测百日咳的重要手段。
    利用实时荧光PCR技术，以百日咳杆菌基因组DNA高度保守区为靶区域，设计一对特异性引物和一条特异的荧光探针。在PCR反应体系中，在加入一对引物的同时加入一条特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR反应刚开始时，探针结合在靶序列DNA一条单链上;PCR扩增时，Taq酶的5’端-3’端外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步，实现对样本中百日咳杆菌核酸的定性检测。样本要求:
    1.适用人群:疑似百日咳杆菌感染患者。
    2.适用样本类型:口咽拭子、鼻咽拭子。
    3.样本保存和运送:所采集的样本应尽可能快地送至检验室进行检测，样本在2-8°C条件下保存不超过3天。